A livello nazionale la Fratres viene retta dal Consiglio Nazionale composto da 15 membri eletti dall'assemblea di tutti i Gruppi Fratres d'Italia.
Vi e' poi il Consiglio di Presidenza composto dal Presidente nazionale, dal Vicepresidente nazionale, dal Segretario nazionale, dall'Amministratore nazionale e da tre membri eletti fra i consiglieri nazionali.
L'assemblea dei Gruppi Fratres elegge inoltre il Collegio dei Revisori dei Conti e il Collegio dei Probiviri composti da tre membri effettivi e due supplenti.
La sede nazionale della Fratres si trova a Firenze.